بدأ تاريخ ديرنا العامر بزيارة مقدسة لطفل بار وأم طاهرة وشيخ وقور وخادمة عفيفة، أسرةكادحة تزحف في مشقة، تحمل متاعاً قليلاً ومعه أحزاناً كثيرة، لتستقر في بيت مهجور بجواره بئر ماء وسط صحراء قسقام القاحلة، ففى قصر حبكت زواياه يد شيطان ماهر لم يولد القدوس ولم يسكن ملك الملوك، فهو كهف ضيق مظلم لا يسـعه، فى ظلاله تذبـل زهور الشباب وفى زواياه يترمد جمر الحب، وفي هذا البيت مكثت العائلة المقدسة 185 يوماً.
وتمر سنين وتنتشر المسيحية وتضمحل عبادة الأوثان وتسقط الأصنام، فلابد أن يكون للرب مذبح في مصر كما تنبأ إشعياء النبي (إش19:19) ويتحول البيت المهجور الذي تعبق بأنفاس الحب إلى كنيسة مجيدة، والصحراء القاحلة إلى فردوس يسكنه ملائكة أرضيون أو قل بشر سمائيون ففي القرن الرابع تزدهر الحياة الرهبانية ويجذب المكان رهبان أنبا باخوميوس فيلتفون حول الكنيسة ويؤسسون ديراً عظيماً أطلقوا عليه اسم (المحرق) لأنهم كانوا يجمعون الحشائش المحيطة بالمنطقة ويحرقوها
وقد أحب الأحباش هذا المكان المقدس واعتبروه أورشليم الثانية وكان الرهبان يأتون من الحبشة ويعيشون في الير ا يعملون ويصلون معا في كنيسة خاصة بهم، هذا وقد أخذت ملكة الحبشة في القرن (18م) تراباً من الدير ومزجته في مواد بناء كنيسة عظيمة باسم قسقام بإقليم جوندار بالحبشة.
وتعد الكنيسة الأثرية ذات المذبح الواحد هى أهم معالم الدير وإليها يأتي مصريون وأجانب، مسيحيون ومسلمون.. لنوال البركة، والحصن الأثري ملجأ الرهبان أثناء الاضطهاد، ومن أعظم رهبان الدير القديس العظيم الأنبا إبرام أسقف الفيوم الذي ترهب باسم بولس الدلجاوي وتلميذه القمص ميخائيل البحيري
